La Sede Centrale dell’Istituto Comprensivo è ubicata in Baceno (Provincia del Verbano Cusio Ossola, m. 665 s.l.m.), in Valle Antigorio, facente parte della Comunità Montana Antigorio, Divedro e Formazza, in un contesto tipicamente montano.
L'istituto Comprensivo di Baceno viene costituito a decorrere dal 1° settembre 1995, con l'aggregazione del preesistente Circolo Didattico alla Scuola Media "Innocenzo IX" di cui mantiene il nome.
Storicamente è tra i primi cinque istituiti comprensivi nella Provincia di Novara e nella Regione Piemonte. Va riconosciuto al Provveditore agli Studi Pietro Cataldo il coraggio e il merito di aver fortemente voluto e sostenuto, in accordo con gli Enti Locali, gli Istituti Comprensivi per la salvaguardia delle scuole di montagna sottodimensionate.
Il nostro Istituto risultava quindi formato dalle scuole materne statali di Crodo e di Croveo, dalle scuole elementari di Baceno, Crodo, Premia e Formazza, dalla scuola media di Baceno con la sezione staccata di Crodo, dalle scuola materne vigilate di Premia e di Formazza, inserite nel territorio della Comunità Montana Antigorio e Formazza.
Con il 1° settembre 2000, per effetto del piano di razionalizzazione della rete scolastica, la struttura dell'istituto comprensivo cambia nuovamente: viene infatti aggregato l'Istituto Professionale Statale per l'Agricoltura e l'Ambiente di Crodo (ex Sede Coordinata dell'Istituto "Cavallini" di Lesa), con Convitto annesso. Si forma così un Istituto Comprensivo su quattro ordini di scuola, unico in provincia e fra i pochissimi in Italia.